La práctica de la fitoterapia es casi tan antigua como el hombre. La fitoterapia es la medicina más antigua y probada del mundo. De forma obligada los individuos y sociedades prehistóricas mantenían un fuerte contacto con la naturaleza la cual, al principio, de una forma accidental repercutía en el hombre, ya fuera por la ingesta de plantas tóxicas o venenosas, picaduras de insecto etcétera. Estas situaciones pasaban a formar parte de la experiencia de las comunidades antiguas que se hacían eco de qué les dañaba, pero también y del mismo modo de una forma accidental, en el más de los casos azarosa, comprendían que la naturaleza era fuente de sustancias con propiedades curativas. Al principio la metodología empírica era la única guía sustentada por una base mística y religiosa en cuanto al uso de drogas vegetales; por tanto las más de las veces no se apreciaban resultados, siendo la experiencia a lo largo de los siglos la que seleccionaría aquéllas drogas útiles para el hombre.

Restos arqueológicos en Shanidian, Iraq revelan la presencia de granos de polen de plantas aún en uso hoy día en medicina oriental con una antigüedad de unos 60.000 años; indicativo todo ello de que el Homo neanderthalensis podría haber tenido unas nociones básicas del uso de plantas. Los primeros usos curativos de las plantas se remontan a unos 10.000 años en la India, mientras que los más antiguos documentos que lo testimonian pertenecen a los chinos; entre todos se destaca el Herbolario de Shên Nung (2700 a. C.). Importantes fueron también los papiros egipcios que plasman el conocimiento de esa civilización en más de 700 formas diferentes de medicamentos de naturaleza vegetal y animal. Famosos son los encontrados por el egiptólogo alemán G.M. Ebers (1837-1898) y también los de Smith (1600 a. C.), que tratan 160 tipos de drogas como el opio, etc. En la zona de Mesopotamia se realiza una labor análoga a la egipcia de recopilación de todo el conocimiento y material relacionado con las drogas vegetales y su actividad; todo ello confirmado por el hallazgo de 660 tablas de escritura cuneiforme en la región de Nínive, al parecer fruto de la orden dada por Assurbanipal 700 años antes de Jesucristo. De entre las 250 drogas que recoge este compendio se encuentran el opio, cáñamo indiano, azafrán, mirra, mandrágora e incluso la hoja de belladona presenta las mismas indicaciones que hoy día como antiespasmódica y antisecretora. Tanto la civilización egipcia como las variadas culturas mesopotámicas mantenían circunscrito todo este saber, al mundo místico haciendo la relación dicotómica religión-medicina aún más fuerte. Por su parte en el extremo Oriente, India, mantenía ya hace mas de 5.000 años buenas comunicaciones con las civilizaciones china, egipcia y mesopotámica. Los dos primeros tratados más importantes elaborados en esta región son el Atharvaveda escrito sobre el 2.000 a.C. y el Susruta hacia el 1.300 a.C. ambos constituyen una completa guía de la época en materia de enfermedades y remedios. Cabe destacar la mención que hacen a las drogas como rawolfia y acónito. También en el Nuevo Mundo mucho antes de la llegada del colono europeo a las Américas, sus habitantes poseían un profundo conocimiento del mundo vegetal como por ejemplo los indios americanos que conocían la coca, lima; los aztecas usaban cacao, vainilla, pimienta, tabaco; y los indios norteamericanos usaban para curaciones áloe, cáscara sagrada, jalapa, sauce y lobelia.

Es en el seno de la civilización griega, donde la secularización de la disciplina médica tiene su culmen, llevando a la ruptura entre misticismo y medicina, hasta entonces estrechamente ligadas, confiriendo autonomía a esta ciencia. El primer tratado sistemático de botánica farmacéutica De Historia Plantarum, escrito por el griego Teofrasto (372-287 a. C.) filósofo peripatético sucesor de Aristóteles en la dirección de su escuela, fue muy difícil y casi incomprensible,. Otra figura griega protagonista de importancia excepcional en este campo, fue Hipócrates, fundador de la escuela de Coo (460-377 circa a.C.). Ese antiguo médico, clasificó por vez primera de manera sistemática 300 especies de plantas medicinales, incluyendo también recetas, métodos de empleo y dietas, influyendo mucho, de esa manera, sobre el mundo romano y el pensamiento de la edad Media. Entre sus obras más significativas, destaca el De medicina de Celso (18 d. C.). Ya en la era cristiana Dioscórides, un griego enrolado en el ejercito romano y recorriendo los dominios del imperio, realiza su gran aportación περιυληζ (materia que proporciona la naturaleza) y posteriormente ampliada por los copistas con ιατριχηζ (médica). En el s.XV d.C se traduce al latín como "De Materia Medica" de gran importancia pues contenía descritas mas de 600 drogas. Solamente en época romana se comienza así a hablar de Farmacoterapia y Farmacognosia en el sentido moderno que damos al término. Recordar también los 37 libros del Naturalis Historia de Plinio el Viejo (23-79), una obra enciclopédica fundamental para comprender los conocimientos farmacológicos de los antiguos; los estudios de Claudio Galeno (129-201), que catalogó los medicamentos en función del "calor" o "humor", según grados crecientes (Methodus medendi) además de preconizador de la polimedicación; y la obra de medicina en 70 libros del médico personal del emperador Giuliano l'Apostata, Oribasio (325-403), que trata de falsificaciones de las drogas.

Con el final del imperio romano, los conocimientos científicos médicos vendrán a ser conservados en los monasterios y desarrollados paralelamente en el mundo árabe, donde nace la alquimia, la predecesora de la química moderna, y en donde fue elaborado el primer ejemplo de farmacopea. Habiendo recogido el testigo la cultura árabe, realiza acopio de todo el saber hindú y hereda los saberes del mundo greco-romano para una vez más recopilar y ampliar el conocimiento sobre drogas vegetales introduciendo la nuez moscada, maná, tamarindo, alcanfor, cubeba etc. Destacan como máximos exponentes Averroes, Mesué el joven, Serapión el joven e Ibn al-Baitar que describe 1.400 drogas vegetales y su actividad farmacológica. Importante también, el trabajo de Isacco Giudeo (850-950 circa), el Libro de los alimentos y de los remedios simples, y el noto Canone de Avicenna (980-1037).

Mientras tanto se fue desarrollando una relación entre las instituciones religiosas, las casas de los peregrinos, los hospitales, etc., junto con los huertos botánicos cultivados por los monjes. En la Edad media se desarrolla más el comercio de las especias y las drogas, y con ellas de las plantas medicinales, y, su difusión se ve incrementada. En el S XIII vemos nacer los primeros cultivos de las mismas, pero sólo entre el 400 y el 500 se inicia la verdadera ciencia botánica.

Con el descubrimiento de América, surgen nuevas rutas comerciales y aparecen nuevos materiales y drogas; se introducen el cacao, café, ipeca, quina etc. que impulsan la Materia Médica mientras que la imprenta se encarga de la rápida difusión de la obra de Dioscórides. Así, en las universidades también se difunden las primeras cátedras de Lectura semplicium (botánica experimental).

El primer tentativo de nomenclatura botánica fue hecho por Leonardo Fuchs (1501-1566). En los mismos años, Paracelso (1493-1541) enfrenta estudios químicos concentrándose sobre los principios activos de las plantas. Sus seguidores empezarán después, aquella parte de la química que estudia los medicamentos. Magnol (1638-1715), será el que introduce en la clasificación botánica la idea de la familia: todo el reino vegetal, subdividido en 76 familias. Otros personajes importantes son Ruiz y Pavón, José Celestino Mutis, Lemery. Las ideas de Paracelso producen un vuelco en la terapéutica que se ve levemente compensada por la llegada de las drogas del Nuevo Mundo como la corteza de quina de empleo en la malaria o la hoja de digital en el tratamiento de la hidropesía. No obstante la tendencia al alza del uso del principio activo preconizado por Paracelso produce una desestimación de la utilidad de las drogas vegetales, actitud reforzada y potenciada por una serie de trabajos como los de Scheele que aísla ácidos orgánicos a partir de drogas vegetales. En 1806 Sertürner separa la morfina del opio. Progresivamente se dilucidan las estructuras químicas de los compuestos y continuamente se aíslan productos a partir de sus drogas y comienza un creciente estudio de las propiedades farmacológicas propugnado por Magendie y su discípulo Claude Bernard. El principio activo adquiere predominio sobre la droga, más aún cuando se empiezan a conocer los mecanismos de acción. Toda esta situación inicia un proceso en el que la Fitoterapia se ve relegada y desprovista del atributo de ciencia, pasando a ser considerada como medicina popular. Más descubrimientos hizo Linneo Carlo Linneo (1707-1778), que, partiendo del descubrimiento de los órganos genitales en las flores de Camerario (1665-1721), divide por géneros y especies adoptando una especial nomenclatura de dos nombres, que permite identificar cualquier especie de hierba.

Sin embargo aprovechando el filón de los avances científicos y tecnológicos comienza a restituirse en su lugar natural dentro del circuito sanitario que son la Farmacia y la Medicina. Muchos de los medicamentos modernos contienen como principios activos sólo sustancias extraídas de ellas. Hoy día, la comunidad científica reconoce en las plantas grandes poderes de curación. En universidades de diversos países se ofrecen cursos de posgrado acerca del empleo de fitomedicamentos. La Universidad Autónoma Metropolitana de México ofrece desde 1999 una especialización universitaria para médicos -Especialización en Acupuntura y Fitoterapia- que permite que los médicos ortodoxos aprendan el empleo combinado de la acupuntura y fitoterapia para el tratamiento de enfermedades comunes.